669彩票網

基因組denovo

基因組denovo測序即從頭測序,是不依賴於任何參考序列對某物種進行測序,通過生物信息學分析手段進行拚接、組裝,從而獲得該物種全基因序列圖譜。隨著測序技術的發展、測序成本的降低,完成各物種的全基因組序列圖譜已成為必然趨勢。一個物種基因組序列圖譜的完成,將帶動該物種一係列後續研究的開展。

應用領域

基因組survey評估
全基因組組裝及注釋
物種進化分析

技術路線

分析內容

1. 數據處理:去除接頭序列、汙染序列等;
2. 基因組組裝:原始數據統計、測序深度分析、覆蓋度統計、GC含量分析等;
3. 基因組注釋:基因預測、基因功能注釋、重複序列分析、非編碼RNA注釋等;
4. 比較基因組學及進化分析:物種係統發育樹構建、基因家族鑒定、基因共線性分析等;
5. 個性化分析。

樣品要求

樣品濃度≥200ng/uL;總量≥500ug;OD260/280 = 1.8~2.0。(所需的DNA量與所構建的文庫數量以及文庫類型有關)

項目周期

一般約7個月,具體完成時間視基因組大小及複雜程度而定。時間從樣品檢測合格開始計算,不包括由於樣品問題而導致實驗停滯的時間。

參考文獻

  1. Ryan E. Mills, Klaudia Walter, Chip Stewart, Robert E. Handsaker, et al. Mapping copy number variation by population-scale genome sequencing. Nature February 2011 470.59–65
  2.  Srikanth Gottipati, Leonardo Arbiza, Adam Siepel, Adam Siepel, Andrew G Clark, Alon Keinan. Analyses of X-linked and autosomal genetic variation in population-scale whole genome sequencing. Nature Genetics 43 741–743 (2011)
  3. Can Alkan , Bradley P. Coe & Evan E. Eichler Genome structural variation discovery and genotyping Nat. Rev. Genet., 12, 363–376 (2011).
  4. Derek M. Bickhart, Yali Hou, Steven G. Schroeder, et al. Copy number variation of individual cattle genomes using next-generation sequencing February 2, 2012, doi: 10.1101/gr.133967.111
  5. Kerstin Lindblad-Toh, Manuel Garber, Or Zuk,Michael F. Lin, et al. A high-resolution map of human evolutionary constraint using 29 mammals. Nature 478, 476–482(2011)
  6. Michael F. Berger, Eran Hodis, Timothy P. Heffernan, Yonathan Lissanu Deribe, et al. Melanoma genome sequencing reveals frequent PREX2 mutations. Nature 11071 (2012)
  7.  Tobias Rausch, David T.W. Jones, Marc Zapatka, Adrian M. Stütz, Thomas Zichner, Joachim et al. Genome Sequencing of Pediatric Medulloblastoma Links Catastrophic DNA Rearrangements with TP53 Mutations. Cell, Volume 148, Issue 1, 59-71, 20 January 2012
  8.  Zamin Iqbal, Mario Caccamo,Isaac Turner, Paul Flicek, Gil McVean De novo assembly and genotyping of variants using colored de Bruijn graphs. Nature Genetics 44, 226–232 (2012)
     
66彩票網_66彩票邀請碼_66彩票平台|6762彩票app_6762彩票軟件_6762彩票平台下載|榮耀彩票官網_榮耀彩票網址_榮耀彩票登錄|33cc彩票登錄_8888cc彩票登陸|6號彩票分析_6號彩票官網_6號彩票投注|6億彩票官網_6億彩票app下載_6億彩票蘋果版| |