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(一)研究背景
卵形鯧鯵是一種非常重要的經濟魚類, 但是,對卵形鯧鯵的生物學研究基於基因信息是非常有限的。在這個研究中, 我們通過對卵形鯧鯵的轉錄組的二代測序得到了關於這個物種基因的全麵解析並對相對功能基因進行預測和分析。通過對卵形鯧鯵的轉錄組測序,得到卵形鯧鯵的轉錄組參考序列,以及差異表達的基因,找出產量,生長和免疫相關的關鍵基因和重要通路。
(二)研究樣本
10個樣本(年齡:2歲/重量:~1000 g )金鯧魚的腦,肝,心肺,鰓,脾髒,睾丸和卵巢(混樣);
測序策略:4G數據量(Illumina Hiseq 2000) ;
(三)研究思路
(四)研究內容
1、轉錄組組裝結果
2、All-Unigene在4個常用的蛋白數據庫的注釋結果
3、All-Unigene與近緣物種的同源性比對結果
4、 All-Unigene在COG 數據庫的分布
5、All-Unigene在GO的分類
6、功能相關基因的鑒定-------------包括:與生長和代謝相關的基因的鑒定、與免疫相關基因的鑒定、與生殖相關的基因的鑒定
7、SSR分子標記的發現和驗證
(五)結果與結論
1、建立卵形鯧鯵轉錄組數據庫。
2、探索與卵形鯧鯵生長,產量和免疫相關的基因
3、開發SSR分子標記, 鑒定出16個SSR多態性位點
4、為後續卵形鯧鯵生理,遺傳學,分子育種等研究打下基礎