燈盞花轉錄組分析揭示假定的野黃芩苷和綠原酸生物合成基因及其遺傳標記    張廣輝 雲南農業大學。

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一、研究背景與目的

燈盞花是著名的藥用植物，野黃芩苷和綠原酸是該藥物主要活性成分。然而，燈盞花中野黃芩苷與綠原酸的生物合成與調控機製所知甚少，並且該植物的基因組信息未知。 

研究樣品：雲南省瀘西縣燈盞花前山1號，一年生的成熟期的葉和花組織。

1. 得到燈盞花轉錄組參考序列數據；
2. 發現與野黃芩苷、綠原酸生物合成及轉錄調節相關的候選基因；
3. 尋找簡單重複序列（SSR）標記，為該植物的分子標記輔助育種提供便利。

二、文章脈絡

1.測序組裝與注釋

      1.1測序組裝結果統計

    1.2 轉錄組組裝結果分類統計

     1.3 Unigene的KEGG注釋結果統計

2.目標基因的尋找與篩選

燈盞花中野黃芩苷和綠原酸的可能的生物合成途徑

     2.1 與野黃芩苷與綠原酸生物合成相關轉錄本篩選

      野黃芩苷是一種黃酮葡萄糖醛酸衍生物。根據KEGG通路的分配中，大部分編碼參與類黃酮生物合成與綠原酸生物合成的酶的基因被發現。

     2.2 燈盞花CYPs的係統發育樹

      將所有注釋為細胞色素P450（CYP）相關的unigenes放在一起，其中9個被注釋到細胞色素71（CYP71）和細胞色素82(CYP82）家族。

      2.3 燈盞花R2R3-MYB轉錄因子的係統發育樹
             R2R3-MYB:重要的黃酮特異性轉錄因子
            R2R3 - MYB轉錄因子可獨立調節黃酮，黃酮醇，和櫟鞣紅生物合成。

3.遺傳標記的分析
     3.1 EST-SSR 發現：分布與頻率
            用MISA軟件檢測所有的73092個unigenes發現潛在的SSRs

     3.2 EST-SSR 標記多態性
           多態性SSR標記用來進行13種燈盞花品種的遺傳多樣性相關分析，最終在遺傳相似度上將13個品種分為3個組

結果
   1.得到了燈盞花的轉錄組參考序列；
   2.發現與野黃芩苷、綠原酸生物合成及轉錄調節相關的候選基因。
   3.通過鑒定SSRs獲得大量基因標記，這為該草藥的分子育種與基因應用提供了有利工具。